巧克力囊肿有些可能会引起宫外孕。
巧克力囊肿很多都会引起不孕，也有一部分会导致宫外孕，因为巧克力囊肿会使盆腔的微环境发生改变，会影响受精卵的结合，会影响输卵管的蠕动功能，有些会导致输卵管的粘连，使输卵管黏膜发生炎症，导致输卵管的堵塞，使卵管通而不畅，从而引起宫外孕。还有一些巧克力囊肿发生破裂的时候，巧克力囊液会流入盆腔和腹腔，会导致广泛的粘连，也会直接影响输卵管的蠕动功能，影响受精卵的运行，引起宫外孕。
巧克力囊肿是因为子宫内膜异位到卵巢上周期性出血引起的，会引起下腹痛以及痛经，有些会导致月经异常，会引起不孕，也有可能会导致宫外孕。