肠系膜静脉血栓形成的原因，最根本的是血液处于高凝状态而造成血栓形成的风险增加。
例如病人生活习惯差、长期吸烟、肥胖、长期卧床等都是造成血液高凝状态的高危因素。另外严重的感染性疾病、手术创伤、原发性疾病，例如红细胞增多症、冠心病等都会造成血液高凝状态，使血栓形成的风险增高。
因此，对于肠系膜静脉血栓，积极的预防更为重要，一旦发病以后要进行全面的评估。如果怀疑有肠管坏死，则需要在急症下进行手术治疗，否则一旦肠管坏死形成感染，后果不堪设想，甚至危及生命。