药物治疗对附睾囊肿的患者通常无明显疗效，当男性患者发生附睾囊肿时，需要采取何种治疗方法，应该结合患者的具体情况，综合分析判断后决定。
如果仅为单个且体积较小的附睾囊肿，患者无明显的临床症状，附睾囊肿未影响到附睾的正常功能，这种情况下可暂时不予以治疗，定期复查阴囊彩超，以动态观察附睾囊肿的大小以及数量变化。
如果附睾囊肿巨大或数量较多，影响到附睾以及睾丸的正常功能，或患者有明显的阴囊胀痛症状，此类患者需要立即到泌尿外科就诊，完善相关检查评估病情后，行穿刺手术抽出囊液或行手术切除附睾囊肿。但附睾囊肿可能会复发，治愈后患者需要定期复查阴囊彩超，密切关注附睾囊肿有无复发。