内分泌失调造成的肥胖症，需要治疗原发病。应该找到内分泌失调的病因，比如多囊卵巢综合征、库欣综合征。
如果是上述两种疾病所造成的肥胖，可以通过治疗原发病来达到减肥的目的。库欣综合征可以通过手术的方法，切除部分的肾上腺组织来达到治愈的，因为这样可以减少了皮质醇的分泌。
多囊卵巢综合征，可以应用药物来改善胰岛的抵抗。其次，还可以通过饮食的方法进行肥胖治疗。多做一些有氧的锻炼，包括慢跑、快步走、骑自行车、打羽毛球、太极拳等等来保证脂肪的消耗，还要有充足的睡眠做保障。