颅内有肿瘤的孩子有可能导致长大后身材矮小。导致身材矮小的原因一般有垂体瘤、颅咽管肿瘤。颅咽管肿瘤会导致脑垂体受到压迫，从而使促性腺激素以及生长激素的分泌有所减少，此类肿瘤在早期能够直接影响孩子的发育以及身高，如果没有及时治疗，还有可能会导致患者视力减退，甚至失明。
在临床上由于脑部肿瘤所引起的身材矮小比较常见，不过大部分都属于良性的肿瘤。因此，早期的临床症状并不具有特异性，一般只有身高低于同龄人的表现。如果肿瘤不断增长，孩子可表现出恶心、呕吐、多饮、多尿以及视物不清的表现。
另外，身体矮小还有可能由于基因以及染色体异常、骨软骨发育不良、先天性代谢障碍等原因所导致。