虹膜囊肿分为原发性和继发性两类：
原发性虹膜囊肿可发生于虹膜色素上皮层或基质层。
继发性虹膜囊肿，可因内眼手术、眼外伤、长期滴用缩瞳剂、炎症渗出和寄生虫感染等原因引起，其中以外伤植入性最常见，是由于眼球穿通伤或内眼手术后，结膜或角膜上皮通过伤口进入前房，种植于虹膜并不断增生所导致的，虹膜囊肿可向后房生长，于瞳孔区见到虹膜后有黑色隆起肿块，容易被误诊为黑色素瘤，当囊肿增大占据前房或堵塞前房角的时候，可以引起难以控制的青光眼。
目前对于虹膜囊肿主要采用激光或者是手术治疗的方式。