CT可以对绝大部分肺结核进行明确地诊断，但是会有个别的肺结核和普通的炎症表现非常相似，不一定能够在CT上明显地鉴别出来。
还有一种情况就是急性血行播散型肺结核，虽然症状有时候很典型，但是在发病的两周之内影像学可以表现为正常或者仅仅是肺纹理稍重，两周以后才可以表现为典型的三均匀征象，所以这种肺结核在发病的早期CT也是不能完全地确诊的。
肺结核的确诊有赖于结核菌素的试验、痰培养或者痰涂片，CT只是一种检查的手段，而不是确诊的手段。