先天性食管闭锁的病因，和许多先天性畸形一样，尚不明确，可能与炎症、血管发育不良或遗传因素有关。但基因遗传尚未完全证实，但部分临床资料提示，食管闭锁的后代有同样的畸形，食管闭锁病例已有多篇报道称发现染色体异常。
先天性食管闭锁和气管食管瘘简称为先天性食管闭锁，是胚胎前原肠发育异常所造成的新生儿期一种严重上消化道发育畸形。
本病常合并先天性心脏病等多种畸形，又因为吞咽困难致误吸吐液，早期常合并肺炎、肺不张等，由于不能进食，患儿很快会出现脱水及电解质紊乱，故病死率极高。