一般鼻咽癌要想确诊，最重要的是通过鼻咽镜取组织做病理检查来确诊病情。如果病人同时有颈部淋巴结肿大，还需要做颈部淋巴结的穿刺活检、病理检查来确诊是否有颈部淋巴结转移的存在。
除了病理检查之外，鼻咽癌的病人还需要做鼻咽部的CT或者核磁共振检查，来进一步明确鼻咽癌的部位与周围组织的关系，从而进一步地能够决定鼻咽癌的治疗方式。
有条件的病人可以做全身的PET-CT检查，来发现是否有鼻咽癌转移现象的存在。如果PET-CT检查发现身体其他部位有可疑转移病灶存在，可以在超声或者CT引导之下，做病变的穿刺活检、病理检查来进一步地确认。