肛周脓肿分为非瘘管性脓肿和瘘管性脓肿，非瘘管性脓肿在感染成脓后，脓肿自行破溃或切开后将脓液充分引流出来，因不与肛内相通肛内没有内口，很快就可以愈合而且不会形成肛瘘。
而瘘管性脓肿因其发病原因是肛内的肛窦感染，炎症波及到周围的软组织直至扩散到皮下，在脓肿破溃或切开后脓液可完全流出，但因内口位于肛内，未得到治疗。
脓腔壁的结缔组织和肉芽组织增生、缩窄呈管状、外口缩小，而内口继续感染不能自愈就会变成肛瘘，所以应在脓肿期就进行手术治疗，将内口寻找到并将其处理好就避免形成肛瘘。