睡醒上腭痛通常是由于炎症引起，常见有下面几种：
1.复发性口腔溃疡，会出现上腭有红黄凹痛的溃疡面，会导致睡醒上腭痛的情况。
2.疱疹性口炎，也会出现上腭部有针尖大的小水疱，破溃形成溃疡或溃疡糜烂面，出现睡醒上腭痛的情况。
3.由于上颌的牙齿出现急性根尖周炎，会出现上腭部的软组织肿胀出现疼痛。
4.有一些急性扁桃体炎也会出现上腭部红肿、疼痛，早上醒来上腭部痛的情况。
所以，出现这种症状应该及早查明原因，进行相应处理。