胆管结石手术具有一定的风险，术后也可能出现一些并发症，其中最主要的是胆管损伤。对于伴有感染炎症的患者，胆管损伤的几率比正常的病人要高4~5倍，胆管损伤可能导致术后出血、发热、感染、形成胆瘘等，会严重的影响预后。
部分胆囊切除的患者，术后短期内会出现腹痛、腹胀、食欲不振、恶心、呕吐、厌食、油腻等消化不良的表现，但随着病情恢复，消化道症状是可以逐渐缓解的。
除此之外，胆结石的复发也是胆结石手术后，必须要面对的一个问题。