肛门闭锁确诊以后，要尽早的进行手术治疗，经过积极的治疗一般预后都是比较良好的。
根据患者直肠盲端距离肛门皮肤之间的距离，来选择不同的手术方式。随着医疗技术的不断发展，腹腔镜的广泛应用，高位无肛的患者也可以在腹腔镜的辅助下，来进行一次性的肛门成形手术。
术后一定要注意保暖，防止用硬肿症的发生，要注意清洁皮肤的皱褶处、会阴部以及腋窝等部位。在卧床期间，每两个小时帮助患儿翻身一次，防止出现褥疮。时刻观察腹部排便以及外露肠管的颜色，还要注意肛门的清洁护理。