沙门氏菌包括很多类型，不同类型的沙门菌感染，临床症状有所区别。
其中，伤寒沙门菌引起的是伤寒，主要表现是发热，典型的表现是稽留热。病人可以出现神经系统的表现，出现精神恍惚、表情淡漠、呆滞、反应迟钝、听力减退。消化道表现为食欲减退、腹泻或便秘，可以出现相对缓脉、玫瑰疹、肝脾大。副伤寒沙门菌引起的是副伤寒，临床表现与伤寒类似，但症状比伤寒轻。
其他沙门菌感染主要引起的是胃肠炎，表现为发热、腹痛、腹泻、恶心、呕吐，与其他病原引起的胃肠炎基本类似，粪便可以表现为稀便或黏液便。