肛门湿疹疼痛主要的治疗方法，还是以药物的治疗为主，特别是在急性期的时候，如果湿疹出现了红斑、糜烂，可以导致局部的疼痛。一般会建议使用炉甘石洗剂进行涂擦，或者是使用补酸溶液进行湿敷。
如果疼痛明显的，还可以适当在肛门的局部涂抹一些具有止疼效果的胶浆，比如使用利多卡因胶浆。另外，还要注意保持肛门局部的清洁，局部可以适当垫柔软的纸巾，尽量保持局部的干爽。尤其是要避免过度抓挠的情况，同时要注意调整饮食结构，避免辛辣刺激性的食物。
如果瘙痒症状较为明显的，可以使用一些抗过敏的药物进行对症治疗。另外，有发生感染的，可以使用抗生素软膏进行局部涂抹。