肛门湿疹的治疗，主要是根据这种疾病产生以后，所造成的具体皮肤损害，进行针对性的治疗。
如果肛门是形成急性的炎症性的反应，比如出现了明显的红斑和丘疹，以及渗出，这时候可以局部外涂消炎类的药膏，一般可以外涂丁苯羟酸乳膏，或者是外涂他克莫司乳膏等进行治疗，也可以外涂一定量的弱效糖皮质激素，比如可以外涂丁酸氢化可的松乳膏，或者是外涂地奈德乳膏等进行治疗的。
但是，如果肛门湿疹出现的慢性的发展过程，比如产生了明显的增生和肥厚，这时候就需要适当的外涂滋润类的药膏，比如可以外涂维生素e乳膏，或者是外涂多磺酸粘多糖乳膏等进行治疗。