急性后部多灶性色素上皮病，目前的病因和发病机制不是很清楚，一般认为迟发型过敏反应在该病发生中起重要作用。抗原特异性细胞分泌多种细胞因子，如干扰素、白介素、淋巴毒素等。
可吸引和激活巨噬细胞、中性粒细胞、自然杀伤细胞，这些激活的细胞及其分泌的细胞因子，可以发挥多种生物效应。最后引起脉络膜血管炎和视网膜色素上皮的炎症。
炎症的原发部位在视网膜色素上皮，也可能包括了光感受器，或者原发部位在脉络膜过敏反应。造成脉络膜毛细血管小叶前的脉络膜小动脉闭塞，从而引起继发性的视网膜色素上皮改变。