肠易激综合征和肠功能紊乱有不一样的地方。肠易激综合征虽然也属于一种功能性的肠病，病程比较长，但患者一般多会出现腹痛、腹部不适、大便性状及排便习惯发生改变等。而且所出现的症状会反复发作或者是形成慢性炎症，迁延不愈，多需要使用药物治疗。
肠功能紊乱可能是由于环境因素、情绪等原因导致的肠道功能出现暂时性的紊乱，通过有效地调理后所出现的症状及病情可以自愈或者缓解。
肠易激综合征和肠道功能紊乱进行相关检查时，都无器质性病变存在。