一般情况下单纯的功能性消化不良不会引起癌变。功能性消化不良是指没有器质性病变，因为不规律饮食、胃肠道紊乱引发的病症，而且胃镜检查也是正常的，所以不会出现癌变。
功能性消化不良的治疗方面预后效果比较好，症状较轻的患者可通过调整饮食结构，规律饮食，可逐渐恢复，达到治愈效果。
但如果功能性消化不良继发于其他疾病，例如胃溃疡、胃炎等，这类情况可以诱发癌变。所以患者出现功能性消化不良时首先要明确病因，对症治疗。