消化不良属于消化系统疾病的症状，所以除常规的体格检查外，还需要消化系统专科检查。具体如下：
1.体格检查。包括病史和查体，医生会询问患者有关的自觉症状及主要不适。其次要检查腹部是否有包块，是否有压痛等。
2.内镜检查。胃肠道疾病最有效的诊断方法就是胃镜肠镜检查，胃肠镜检查可以查出是否有器质性病变，确定消化不良症状是否为器质性病变引起。
3.进行幽门螺旋杆菌检测。消化不良与幽门螺旋杆菌感染有一定的关系，故进行幽门螺杆菌检测有助于排查病因。
4.影像学检查。胃部的器质性病变如胃癌等，也会引起消化不良症状，通过腹部彩超、CT等影像学检查也可以排查肝胆胰腺等疾病所致的消化不良。