食道癌手术后吻合口溃疡可以用以下方法进行处理：
1.使用针对该患者有效的药物，在达到治疗的剂量后，改成维持的剂量，这种情况可以长期维持治疗，也可以间歇性维持治疗。
2.如果食道癌手术后吻合口溃疡是因为没有吸收的丝线，作为异物的刺激而产生，可以在内镜下将丝线取出，就可以治愈该吻合口溃疡。
3.如果以上内科方法治疗都没有效果，可以考虑行手术治疗，具体的手术方法要根据患者原来施行的手术，常见的手术有残胃或残窦再切除术以及迷走神经切断术。