肾囊肿感染后若治疗得当，一般不会有明显的后遗症。
肾囊肿可能会因为各种原因而导致出现感染症状，其可出现发热、寒战、腰痛、尿急、尿痛等表现。临床经过反复穿刺及抗生素治疗，患者大多可在2~3周控制感染，通常不会出现明显的后遗症。
若患者原本存在肾系疾病等情况，则应注意合理饮食，避免摄入不利于疾病恢复的物质。平时还要注意休息，避免剧烈活动。肾囊肿一般症状不明显，体积不超过5cm时，并无相关症状时可不必处理，超过5cm且有症状时则建议就医治疗。