萎缩性咽炎对人体的危害主要分为局部以及邻近器官，甚至是全身的危害。
首先在咽部局部上，萎缩性咽炎的患者通常会有咽干、咽部异物感等不适，稍微劳累或者干燥，症状就会加重，还会导致刺激性的咳嗽，影响工作、休息，而咽部异物感的患者也会反射性地清嗓子，这个行为会加重咽干等不适。
另外，咽部存在慢性炎症，患者可发生口臭的情况，这个病还可以使得咽部的抵抗力下降，非常容易感染细菌以及病毒，容易得感冒、急性咽炎等疾病，局部的感染可以波及其他系统，可以导致气管炎、肾炎、心脏病等发生。