旅行者腹泻最常见的传染途径是旅行者食用了被这些病原体污染的食物与水，尤其是在一些热带国家，施粪肥使食物污染上肠致病菌。
而病毒则主要经水传播，特别是在雨季，病原体进入人体侵犯空肠或回肠并产生毒素，使肠道发生炎性水肿，引起肠黏膜渗出过多而导致腹泻。
其他一些因素，如旅行疲劳、精神紧张、饮食习惯改变、气候时差变化等均可致机体抗病能力降低及消化道功能发生紊乱而引起腹泻，一旦确诊后，就需要及时进行对症治疗。