做直肠镜并不会感觉到有什么痛苦，因为直肠镜检查的仅仅是肛管、直肠以及下端的乙状结肠，进镜深度大约为15到20公分左右，并不会牵拉肠道，向结肠镜一样导致腹部的胀痛等等症状。
但是一些有肛裂的患者，镜身进去肛门时，会刺激肛裂裂口，有可能会产生局部的疼痛症状。这种情况下，可以在检查前充分的润滑肛门，以减轻局部的刺激症状。
另外，做直肠镜检查前，患者应排空大便，以免在检查的过程中大便污染镜头而影响观察。