肛瘘患者在肛诊过程中，有可能触摸到瘘管的内口，在直肠肛管区域触摸到疤痕疙瘩，有局部凹陷的感觉，周围组织略硬一些，按压局部组织，有可能出现肛周皮肤外口排气、分泌物排出等症状。
需要有经验的医生通过手指触觉来检查，普通人在肛诊过程中，可能无法分辨出病变情况，在触摸到局部病变情况后，需要结合肛门镜或者直肠镜等检查项目，对于患者病变情况进一步分析，然后结合肛瘘病变情况，及早治疗。
目前主要采取肛瘘切除手术或者挂线疗法治疗。