吻合口溃疡多是由于手术中切除不当或者是手术后护理不当，都可以造成吻合口溃疡。
一般在进行胃部手术切除的时候，切除的范围不够大，就会导致有功能的壁细胞群残留过多，引起胃酸的分泌增多，造成溃疡复发。
如果是胃小弯切除的范围不够大，导致迷走神经主干遗留，胃液是由迷走神经所支配，就会引起胃液分泌增多，增加溃疡的复发率。
如果长时间的服用对氨基水杨酸，或者是非甾体抗炎药等破坏胃黏膜屏障，就会导致吻合口及胃侧多发溃疡出血。