皮下囊肿和表皮囊肿最主要的区别，就是表皮囊肿的内容物比皮下囊肿的内容物要多出一些，皮下囊肿和表皮囊肿虽然都是因为在胚胎的发育时期外胚层发育异常所造成的，但是皮下囊肿的内容物只是以表皮为主，通常不包含有其他的内容物。
而表皮囊肿除了表皮的细胞以外，还会包含有皮肤的附属器官，比如汗腺、毛囊以及部分的毛发、皮脂腺等等。
不管是皮下囊肿还是表皮囊肿，其实都属于一种良性的皮肤肿物，在治疗方面都可以选择进行手术切除，如果皮损体积不大，不做特殊处理也是可以的。