婴幼儿拉肚子可能是食物过敏。特别是母乳喂养的婴幼儿，如果母亲进食了容易过敏的食物，会引起婴幼儿肠道过敏反应导致拉肚子。奶粉喂养的婴幼儿，也有可能是对牛奶蛋白过敏，也会出现腹泻。
乳糖不耐受也可导致腹泻，是由于婴幼儿体内乳糖酶分泌不足，不能分解乳汁中的乳糖所致。通常会在喂奶之后出现拉肚子伴有腹胀，排出的大便有泡沫等症状。
此外，腹部受凉也可导致肠道蠕动加快，导致拉肚子。也不排除是肠道发生感染所致，比如病毒或细菌感染。