糜烂性胃窦炎，可以给予抑酸药、胃黏膜保护药，必要时给予四联疗法治疗。
糜烂性胃窦炎与经常进食辛辣、刺激的食物或者暴饮暴食、进食不规律有关。可以应用抑酸药，常用的药物有泮托拉唑、奥美拉唑，此类药物可以抑制胃腺分泌胃酸，减少胃酸对胃黏膜的刺激，结合应用胃黏膜保护药，例如铝碳酸镁咀嚼片、胶体果胶铋等，促进胃黏膜修复。
如果伴有幽门螺旋杆菌感染，可以给予四联疗法根治，经过规范按疗程治疗，可以改善糜烂性胃窦炎。平时避免进食对胃黏膜有刺激的食物。