甲亢对患者的生殖系统是有危害的。女性患者通常表现为月经失调、月经量过多或过少、停经，乃至不孕，在男性患者则可以表现为不育等。
主要是由于甲状腺激素和性激素共同接受下丘脑和腺垂体的调节，甲亢的时候甲状腺激素水平过高，便会负反馈作用于下丘脑和垂体，从而导致它们的功能受到抑制。
自然也就会影响到性腺轴的正常功能，从而导致相关激素的水平出现紊乱，所以就会导致男女性出现上述的一系列表现。一般随着甲亢的缓解，这些症状是可以逐渐得到恢复的。