伪膜性肠炎不是克罗恩病，虽然伪膜性肠炎和克罗恩病均有腹痛、腹泻、发热、脓血便等相似的临床表现。但两者的病因、发病机理和治疗方法都不相同。
伪膜性肠炎是由难辨梭状芽孢杆菌的毒素引起的肠道感染性炎症，肠镜检查可见在肠道黏膜表面覆盖有黄绿色伪膜。常见于应用广谱抗生素之后，也可以在一些免疫力低下的疾病如肿瘤糖尿病等或应用免疫抑制剂的病人中发生，治疗上应用甲硝唑或万古霉素。
克罗恩病是炎症性肠病的一种，其发病与遗传、免疫、微生物和环境等多种因素的综合作用有关。病变主要累及小肠，也可以累及全胃肠道，甚至出现肠外表现。肠镜可见炎症呈跳跃性分布，病理组织学有特征性的非干酪性肉芽肿改变，其治疗是首选氨基水杨酸制剂和糖皮质激素。病程迁延，反复发作。