跑步时出现肚子疼应当首先停止跑步，要卧床休息。如果疼痛随之缓解，可能是由于长期跑步时导致肌肉拉伤等引起。如果肚子疼不缓解，要到医院进行检查和治疗。
首先，应当禁止饮水、禁止饮食，有可能饮食后会加重腹痛情况并且要观察有无恶心、呕吐、腹泻、便秘等症状，有无发热，甚至高热、寒战的症状。
临床到医院首先要检查腹部压痛情况，一般右上腹疼痛临床可能是胆囊炎，右下腹疼痛临床可能是阑尾炎，左上腹疼痛临床可能是胰腺炎，肚脐周围压痛有可能是肠痉挛、肠梗阻等。临床应结合血常规、肝功能、血尿淀粉酶、腹部B超、腹部增强CT、立位腹平片等检查协助诊断。