虽然生理性黄疸和病理性黄疸都会表现出皮肤发黄，但是黄疸的程度、病因是不同的。
生理性黄疸不能转化为病理性黄疸。生理性黄疸是新生儿自身生理特点引起来的。因为新生儿期胆红素的破坏增加，而且肝脏处理胆红素的能力差，加上出生以后开奶延迟等多种情况都可以引起生理性黄疸。
病理性黄疸的原因很多，比如最常见的缺氧、早产、低出生体重这些原因都可以影响到肝脏处理胆红素的酶的活力。
胆道畸形或者溶血引起来的黄疸是胆红素来源增多或者代谢出现异常，它们的发病机理、出现时间和程度与生理性黄疸有着本质的区别。