引起腰部隐隐作痛的原因很多，可能是由于腰肌劳损造成的，也可能是由于肾病或其它系统的疾病导致的腰部症状。
腰部隐痛最可能是由于过度劳累、长时间弯腰、腰部不活动处于同一个姿势、扭伤造成了腰肌劳损，一般在劳累、久站、久坐之后，这种疼痛会更加明显。腰肌慢性劳损若造成了骨质退化、骨质增生，也会引起腰部疼痛，在老年人中比较常见。
此外，腰椎间盘突出症，由于压迫了神经，腰部隐痛也很常见；肾的囊肿、结石也会引起这种症状。如果是女性，腰部隐隐作疼，还要警惕输卵管炎等盆腔炎症。