真菌性的脑膜炎经过治疗以后，有可能会留下后遗症。有可能会留下脑积水的后遗症，主要和患病以后大脑出现脓性的渗出物，堵塞狭窄的孔道有关。
有的病人可能会有癫痫后遗症，可能会经常出现突然的晕倒、肢体抽搐、口吐白沫等症状，也有可能导致语言理解能力、表达能力障碍。严重的病人可能会出现肢体瘫痪的后遗症。
一旦确定患有真菌性的脑膜炎，应该及时地选择合理的药物治疗，临床常用氟康唑、伊曲康唑、咪康唑等药物，要配合营养支持疗法和对症治疗，加强病人的护理，尽量减少并发症。