肛肠疾病一般是属于结直肠肛门外科。在西医综合性医院里面，大多会有普外科或者结直肠肛门病外科，可以诊疗治疗一些肛肠疾病。
而在中医医院或者中西医结合综合性医院里面，大多有独立的肛肠科，主要适用于治疗一些小肛肠疾病，包括痔疮、肛瘘、肛裂等等，还有结肠、直肠、肿瘤、息肉等等一些疾病。还有一些肠道功能性的疾病或者溃结、克隆恩病等等，也可以将这类疾病归属于消化内科。
学科之间还是有一定的交叉重叠，所以患者也要具体结合自身的疾病，去相应的科室就诊。