化脓性关节炎一旦确诊，需要进行抗感染治疗。抗生素可以用头孢、青霉素、氨基甙类。选择需要根据细菌培养敏感性确诊，和应用抗生素比较好。这种情况可以进行脓液的培养，然后根据培养的结果选用敏感的抗生素。药物培养需要一定的时间，在结果出来之前也要针对性地治疗。
如果已经有化脓，并且有局部的红热、肿胀、脓液也比较多，可以根据损伤的情况和经验性应用抗生素。比如外伤，葡萄球菌、革兰氏阳性球菌造成化脓可能性比较大，这时用青霉素比较好。如果是血缘性或者年龄比较大，则革兰氏阴性菌感染可能性比较大，用头孢比较好。
根据这一情况，对症应用抗生素进行抗感染治疗。还可以联合用抗生素，具体根据具体的细菌培养结果进行调整，可以调整联合敏感的抗生素效果更好。