大多数的肛窦炎容易治愈，主要为抗生素的使用，一般可以使用抗生素栓剂塞肛门治疗，必要时也需要口服抗生素抗感染治疗。
人体的肛窦开口朝上，特殊的生理结构造成肛窦内容易积聚粪便等感染物质，容易引发肛窦出现感染而导致肛窦炎。急性肛窦炎患者会表现为肛门内相对剧烈的疼痛，局部会化脓，患者在排便时由于粪便挤压肛窦，会导致排便时明显的疼痛症状，并且伴有脓性或者脓血性分泌物。
急性肛窦炎经积极的治疗，大多可以治愈。但如果治疗不及时，急性肛窦炎有可能会转变成慢性肛窦炎而导致症状反复发作，会增加治疗的难度，有些患者即使能够通过用药控制一时的症状，但后期仍然有可能会再次发生，严重的也需要手术治疗。