自身免疫性胰腺炎导致肝功能受损严重的处理如下：
1.首先应该针对自身免疫性胰腺炎进行治疗，只要控制了自身免疫性胰腺炎，肝功能也不至于继续加重。而自身免疫性胰腺炎的治疗方法有激素，激素治疗也是首选的治疗。其次如果是因为胰腺的炎症导致末端胆管变细，使得胆汁流出不通畅的，可以用内镜的治疗。
2.针对肝功能异常方面可以使用药物进行治疗，从而改善肝脏功能。比如甘草酸二铵、还原型谷胱甘肽、多烯磷脂酰胆碱等药物可以改善肝功能。