反流性食管炎治疗时主要以抑制胃酸、保护胃黏膜、增加胃肠动力、益生菌类的药物治疗。
反流性食管炎的患者多数伴有胃酸分泌增多的情况，治疗时主要应以控制胃酸的药物治疗，常见的有奥美拉唑、雷贝拉唑、埃索美拉唑，能抑制胃酸的分泌，能减轻对胃部和食管黏膜造成的损伤。同时还应配合保护胃黏膜的药物，如枸橼酸铋钾，能保护胃肠道的黏膜。
另外，反流性食管炎会导致患者胃肠道的蠕动减慢，食物长期在胃部囤积导致症状加重，所以还应配合促进胃肠蠕动的药物，如吗丁啉、莫沙必利。饮食上可选择益生菌类的食品，能帮助消化，改善胃肠道功能。