腹肌缺如综合征是由于腹肌发育不好，从而导致四肢、胃肠道、心脏等器官畸形，尤其对泌尿系统构成了严重的伤害。因此，该病是一种对身体危害非常严重的疾病。
腹肌缺如综合征，常常导致泌尿道完全梗阻，严重的还会导致上尿路功能和结构破坏。导致尿路完全梗阻的患者，还会出现肾衰竭。就算给予手术引流仍然会有少尿的现象，有些患者甚至在短期内因出现尿毒症而死亡。
腹肌缺如综合征患者导致上尿路损坏的，会导致尿毒症迅速发展。给予引流治疗，也会导致输尿管扩张、蠕动减弱，影响患者的生存。