肺部真菌感染是否需要做穿刺活检，要视具体的病情来定。
因肺部真菌感染的种类有很多，其表现形式以及胸部影像学的特点亦有不一样。对于部分患者可以通过临床症状、胸部影像学检查、痰检、支气管镜检查和G试验、GM试验、乳胶凝聚试验等真菌检查，即可以达到临床诊断或确诊的目的，此时可不行局部穿刺活检。
但要注意部分患者可能通过上述检查仍未能确诊，而且其胸部CT检查表现为结节、肿块等不典型改变时，为了与其他疾病相鉴别，并进一步明确其诊断，患者需要行相应的穿刺活检。临床上常在CT引导下经皮肺穿刺活检，来确诊是否为真菌感染以及可能存在感染的真菌种类等，以指导下一步的治疗。