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肠道菌群失调的治疗，主要是进行全身的支持治疗，注意补充营养，也可以肌注丙种球蛋白等，提高机体的免疫机能。同时要针对病因进行对症治疗。同时也需要调整菌群的治疗，饮食上面注意发酵性腹泻要限制碳水化合物，腐败性腹泻要限制蛋白质的摄入。需要停止应用抗菌药物，应该根据菌群分析以及抗菌药物敏感试验，选择合适的抗生素以及抑制过度繁殖的细菌。同时可以应用一些益生菌制剂，例如双歧杆菌、芽孢乳杆菌、大肠杆菌等等。也可以口服益生元制剂，同时也可以选择耐药性肠球菌制剂。
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