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尖锐湿疣复发的主要原因是亚临床感染和潜伏感染的存在。正是这两种感染类型，才使尖锐湿疣不可能一次治愈。HPV进入人体以后，会在皮肤里面形成三种不同类型感染：第一种肉眼可见到皮损的临床感染形式。第二种亚临床感染。第三种局部潜伏感染。一般可以用激光、冷冻或者电离子的方法去除肉眼可见临床感染，也要积极对于存在的亚临床感染进行临床随访。而对于潜伏感染，可以用光化学疗法，比如光动力治疗以达到有效清除。
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