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在做产前检查的时候，可能会发现胎儿消化道肠管有扩张，尤其是位置比较低的扩张，如果肛门闭锁是在高位，肠管的扩张段会比较多，小肠、结肠尤其是结肠都是有扩张的。另外还有一些羊水可能会增多，消化道闭锁的孩子都可能表现羊水增多，也有一些肛门闭锁，是没有什么阳性发现的，是出生以后才诊断出来的。 肛门闭锁也是一种消化道的梗阻，从口到食管、胃、小肠、结肠到肛门，每一个环节都有可能会有发生闭锁的可能性。
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