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先天性巨结肠可以做的检查，活体组织的检查，取距离肛门齿状线三公分以上的直肠处置，病理检查发现有异常增生的神经节纤维素，但无神经节细胞，是诊断先天性巨结肠的金标准。 X线平片以及钡灌肠、腹部立位平片显示低位结肠梗阻、钡剂灌肠、侧位和前后片中可见到典型的痉挛肠段和扩张的肠管。24小时后排空钡剂仍然有存留，不及时灌肠钡可形成结石。合并肠炎时扩张肠段的肠壁呈锯齿上的改变，新生儿期扩张的肠管多在半个月可以看到明显的表现。还有肛门直肠侧压，压力值明显升高等。
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