试管婴儿如果是新鲜周期移植孕酮，是有一些因素会导致孕酮低的，因为在取卵的过程中会抽吸出大量的颗粒细胞，而女性的排卵以后的孕酮主要来源就是由颗粒细胞分泌的，颗粒细胞减少了，自然孕酮也会相对比较低。另外在试管婴儿的过程中，雌激素是非常高的，这种高的雌激素会抑制FSH和LH的分泌，最终也会导致孕酮分泌的下降。
所以做试管婴儿的时候会发现，有很多病人查孕酮会发现偏低。但是做试管以后，会外源的补充孕酮，尽管可能这些孕酮有些药是血里面检测不到药物的浓度的，但是外源补充的孕酮是足够胚胎着床的。所以，即使在试管婴儿之后查着血里孕酮偏低，也不用特别担心。
还有一些特殊的就是在做冻胚移植的时候，可能会采取了人工内膜的方式来模拟自然状态，这种情况下女性体内自身是不分泌孕激素的，完全是靠外源的药物进行孕激素的补充，所以这个时候确实会查到孕酮偏低，这也是由于内膜准备方案导致的孕酮偏低，也不用紧张。
所以总体来说，即使是孕酮偏低，因为外源已经用了足够多的孕激素，不用因为孕酮低而特别紧张。
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