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新型冠状病毒的假阴性受试剂盒质量的影响，还受检测取标本部位、取标本的量影响。新型冠状病毒感染患者呼吸道的分泌物，尤其是肺泡灌洗物中核酸的检测阳性率比较高，而咽试纸的检测，如果取标本的部位不妥当、量不够，可能会导致假阴性。新型冠状病毒是RNA，很容易在检测的过程中被消化，也是导致核酸检测假阴性很重要的因素。现在已经发现检测血清的抗体要比检测核酸阳性来的阳性率高，假阴性要低，不妨应用于临床监测，是检测新型冠状病毒感染很好的方法。
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