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桥本氏甲减是有一定的遗传性的。资料表明，桥本氏甲状腺炎是由遗传和环境因素共同作用而引起的器官特异性自身免疫性甲状腺疾病，其发病机制尚未彻底阐明。家族性聚集现象及单卵双胞胎疾病共显率明显高于双卵双胞胎的现象，提示遗传因素在桥本氏甲状腺炎致病作用中起重要作用。目前认为其属于多基因遗传病，其关键因素是自身免疫，可与其他自身免疫性疾病如恶性贫血、干燥综合征、慢性活动性肝炎、系统性红斑狼疮等同时并存。
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